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La première version de MySQL a vu le jour le 23 mai 1995. Il a d'abord été créé pour un usage personnel à partir de mSQL en s'appuyant sur le langage de bas niveau ISAM qu'ils trouvaient trop lent et trop rigide. Ils ont créé une nouvelle interface SQL en conservant la même API que mSQL. MySQL est passé en licence GPL à partir de la version 3.23.19 (juin 2000). En 2003, MySQL AB et SAP AG concluent un accord. Le résultat s'appellera MaxDB. Il est issu de l'intégration du système de SAP (SAP DB) dans MySQL.
Oracle Corporation ane racheter Sun Microsystems le 20 avril 2009 pour 7,4 milliards de dollars15, créant la crainte de voir MySQL disparaître – ou du moins ne plus être développé – au profit d'Oracle, le SGBD d'Oracle Corporation. MySQL est cependant loin d'avoir toutes les fonctionnalités d'Oracle, et pourrait donc être vu au contraire par la société comme un produit gratuit d'appel banalisant l'usage de SQL et préparant donc ses futures ventes. l'une des spécificités de MySQL est de pouvoir gérer plusieurs moteurs au sein d'une seule base. Chaque table peut utiliser un moteur différent au sein d'une base. L'objectif est d'optimiser l'utilisation de chaque table.
La simplicité d'utilisation de plusieurs moteurs de stockage dans une seule base avec MySQL permet une énorme flexibilité dans l'optimisation de la base : on utilisera MyISAM pour stocker les données peu sensibles et nécessitant un ac rapide aux données (par exemple une liste d'utilisateurs), InnoDB pour les fonctions avancées et les données plus sensibles (par exemple pour une liste des transactions bancaires), MEMORY pour des données pouvant être perdues lors du redémarrage de la machine et souvent modifiées (par exemple une liste d'utilisateurs en ligne), ARCHIVE pour un historique (ou log) ne nécessitant que peu de lecture.
Deux méthodes subsistent pour répartir la charge sur un ensemble de machines fonctionnant sous MySQL Server. Ces méthodes permettent d'assurer une redondance (si une machine tombe en panne, d'autres peuvent prendre la relève), d'améliorer la rapidité des recherches (SELECT) ou encore d'établir une machine dédiée à la sauvegarde des données.
Depuis la version 3.23.15, MySQL est capable d'utiliser un système de réplication à sens unique relativement simple à mettre en place : un serveur maître qui contient la base de données source et va recevoir l'ensemble des modifications, et un serveur e qui contient une base à structure identique et qui va se connecter au serveur maître pour aller chercher les nouvelles modifications et mettre à jour ses bases. Un maître peut avoir plusieurs es, et un e peut devenir à son tour maître pour un autre serveur e, réalisant ainsi une chaîne de réplication