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La fouille de données n'est rien sans outil. l'offre informatique se présente sous la forme de logiciels67 et aussi sur quelques plateformes spécialisées68. De nombreux logiciels sont présents dans la sphère des logiciels commerciaux, mais il en existe aussi dans celle des logiciels libres. Il n'y a pas de logiciels meilleurs que d'autres, tout dépend de ce qu'on veut en faire69. Les logiciels commerciaux sont plutôt apprêtés aux entreprises, ou aux organismes ayant de gros volumes de données à explorer 10, tandis que les logiciels libres sont destinés plus particulièrement aux étudiants, à ceux qui veulent expérimenter des techniques nouvelles, et aux PME
L'informatique en nuage (cloud computing) ne semble pas être un outil d'exploration de données, mais un ensemble de services web, délivrés par des fournisseurs via l'internet, permettant d'accueillir et/ou d'utiliser des données et des logiciels73. Pourtant, il y a des services qui peuvent être utilisés dans le domaine de l'exploration de données. Oracle Data mining s'expose sur l'IaaS d'Amazonnotes 11 en proposant aux clients une Amazon Machine Image74 contenant une base de données Oracle incluant une IHM pour la fouille de données ; une image pour R et Python est disponible aussi sur Amazon Web Services. Des acteurs présents exclusivement dans le nuage et spécialisés dans le domaine de la fouille de données proposent leurs services comme In2Cloud
Les logiciels ne restent pas auto-suffisants. Les outils d'exploration des données ne proposent pas d'interprétation des résultats, un analyste spécialiste de la fouille de données et une personne connaissant le métier duquel sont extraites les données sont indispensables pour analyser les livrables du logiciel.
En outre, les logiciels d'exploration de données offrent toujours un résultat, mais rien n'indique qu'il soit pertinent, ni ne donne une indication sur sa qualité. Mais, de plus en plus, des techniques d'aide à l'évaluation sont établies dans les logiciels libres ou commerciaux. Les relations entre les variables ne sont pas clairement définies. Les outils d'exploration des données indiquent que telles et telles variables ont une influence sur la variable à expliquer, mais ne disent rien sur le type de relation, en particulier il n'est pas dit si les relations sont de cause à effet.
De plus, il peut être très pénible de restituer de manière claire soit par des graphes, des courbes ou des histogrammes, les résultats de l'analyse. Le non-technicien aura quelquefois du mal à comprendre les réponses qu'on lui apporte
Pour un francophone, apprenti de surcroit, le vocabulaire est une difficulté voire un ème. Pour s'en rendre compte, il est intéressant de préciser le vocabulaire rencontré dans les littératures e et anglo-saxonne.