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La première version de MySQL est rendue publique le 23 mai 1995. Il a d'abord été créé pour un usage personnel à partir de mSQL en s'appuyant sur le langage de bas niveau ISAM qu'ils trouvaient trop lent et trop rigide. Ils ont engendré une nouvelle interface SQL en gardant la même API que mSQL. MySQL est passé en licence GPL à partir de la version 3.23.19 (juin 2000). En 2003, MySQL AB et SAP AG parachèvent un accord. Le résultat s’appellera MaxDB. Il est issu de l'intégration du système de SAP (SAP DB) dans MySQL.
Le 20 avril 2009, Oracle Corporation communique racheter Sun Microsystems pour 7,4 milliards de dollars15, créant la crainte de voir MySQL disparaître – ou du moins ne plus être développé – au profit d'Oracle, le SGBD d'Oracle Corporation. MySQL est cependant loin d'avoir toutes les fonctionnalités d'Oracle, et pourrait donc être vu au contraire par la société comme un produit gratuit d'appel banalisant l'usage de SQL et préparant donc ses futures ventes. L'une des spécificités de MySQL est de pouvoir gérer plusieurs moteurs au sein d'une seule base. Chaque table peut utiliser un moteur différent au sein d'une base. Ceci afin d'optimiser l'utilisation de chaque table.
La facilité d'utilisation de plusieurs moteurs de stockage dans une seule base avec MySQL agrée une énorme flexibilité dans l'optimisation de la base : on utilisera MyISAM pour stocker les données peu sensibles et nécessitant un accès rapide aux données (par exemple une liste d'utilisateurs), InnoDB pour les fonctions avancées et les données plus sensibles (par exemple pour une liste des transactions bancaires), MEMORY pour des données pouvant être perdues lors du redémarrage de la machine et souvent modifiées (par exemple une liste d'utilisateurs en ligne), ARCHIVE pour un historique (ou log) ne nécessitant que peu de lecture.
Il existe deux méthodes pour répartir la charge sur un ensemble de machines fonctionnant sous MySQL Server. Ces méthodes ont pour but d'assurer une redondance (si une machine tombe en panne, d'autres peuvent prendre la relève), d'améliorer la rapidité des recherches (SELECT) ou encore d'établir une machine dédiée à la sauvegarde des données.
MySQL est capable, depuis la version 3.23.15 d'utiliser un système de réplication à sens unique relativement simple à mettre en place : un serveur maître qui contient la base de données source et va recevoir l'ensemble des modifications, et un serveur esclave qui contient une base à structure identique et qui va se connecter au serveur maître pour aller chercher les nouvelles modifications et mettre à jour ses bases. Un maître peut avoir plusieurs esclaves, et un esclave peut devenir à son tour maître pour un autre serveur esclave, réalisant ainsi une chaîne de réplication