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La deuxième génération d'ordinateurs est tablée sur la venue du transistor en 1947. Cela admit de remplacer le fragile et encombrant tube électronique par un composant plus petit et fiable. Les ordinateurs composés de transistors sont considérés comme la deuxième génération et ont dominé l'informatique dans la fin des années 1950 et le début des années 1960. En 1955, Maurice Wilkes inventa la microprogrammation, désormais universellement utilisée dans la conception des processeurs. Le jeu d'instructions du processeur est analysé par ce type de programmation.
Ramac 305 à l'arsenal de Red River de l'U.S. Army. Au premier plan : deux lecteurs de 350 disques ; au fond : console 380 et unité de calcul 305. En 1956, IBM sortit le premier système à base de disque dur, le Ramac 305 (Random Access Method of Accounting and Control). l'IBM 350 utilisait 50 disques de 24 pouces en métal, avec 100 pistes par face. Il pouvait enregistrer cinq mégaoctets de données et coûtait 10 000 $ par mégaoctet.
Le premier langage de programmation universel de haut niveau à être pratiqué, le Fortran (Formula Translator), fut aussi développé par IBM à cette période (Le Plankalkül, langage de haut niveau développé par Konrad Zuse en 1945 n'avait pas encore été implémenté à cette époque.)
En 1958, la Compagnie des Machines Bull (France) promet Le Gamma 60, livré en une quinzaine d'exemplaires à partir de 1960 : Premier ordinateur multitâches dans le monde et l'un des premiers à comporter plusieurs processeurs (voir multiprocesseur), cet ordinateur transistorisé offre cependant de graves défauts de conception, typiques d'une machine expérimentale. Comme la plupart des ordinateurs de son temps, il comporte diverses unités d'entrée et de sortie : bandes magnétiques, lecteurs de cartes, perforateurs de cartes, imprimantes, lecteurs de bande papier, perforateurs de bande papier.
En 1959, IBM largua l'IBM 1401 (commercial), qui utilisait des cartes perforées. Il fut le premier ordinateur vendu à plus de 10 000 exemplaires. Il utilisait une mémoire magnétique de 4 000 caractères (étendue plus tard à 16 000 caractères). En 1960, IBM lança l'IBM 1620 (scientifique). Il écrivait à l'origine sur des rubans perforés, mais évolua rapidement pour utiliser des lecteurs de cartes perforées comme le 1442. 2 000 unités furent cédées. Il utilisait une mémoire magnétique de 60 000 caractères décimaux. Un exemplaire opérationnel fut longtemps présent au Palais de la découverte. La même année, Digital Equipment Corporation (DEC) lança le PDP-1 (Programmed Data Processor). Le PDP-1 était le premier ordinateur interactif et a lancé le concept de mini-ordinateur